Mănăstirea Rila se dezvoltă imediat după moartea şi răspândirea cultului Sfântului Ioan de Rila († 946), un mare sfânt eremit bulgar.
Potrivit unei legende locale, primul aşezământ monastic din acest loc a fost întemeiat de însuşi Sfântul Ioan de Rila, însă acest lucru nu poate fi dovedit istoric sau documentar. Cele mai vechi izvoare istorice despre viaţa Sfântului Ioan de Rila nu dau detalii despre data exactă a întemeierii ei. În cea mai veche scriere bulgară referitoare la „Viaţa Sfântului Ioan de Rila”, scrisă probabil între secolele al XI-lea şi al XII-lea, nu exista nici cel mai mic indiciu cum că în vremea sfântului, aici ar fi existat vreun aşezământ sau biserică.
Cea mai veche menţionare a Mănăstirii Rila o găsim în „Viaţa Sfântului Ioan de Rila”, scrisă între anii 1173 şi 1180, în Grecia, de către Ioan Scylitzes, scriitor bizantin şi guvernator de Sredets (oraşul Sofia de astăzi). Acesta scrie că sfântul a binecuvântat ridicarea unei mănăstiri. În pofida faptului că Mănăstirea Rila a fost ridicată fără protecţia vreunui mare demnitar sau rege bulgar, aceasta a primit, de-a lungul vremii, donaţii de la mai mulţi regi bulgari. Renaşterea mănăstirii a avut loc în secolul al XIV-lea, ca urmare a strădaniei protospătarului Hreliov – Hrelju, un vasal al regelui sârb Ştefan Dushan (1331-1355). În timpul ocupaţiei otomane, mănăstirea a supravieţuit, însă s-a ales cu pierderi ale unor pământuri. În urma mai multor petiţii adresate sultanilor, în vederea aprobării lucrărilor de restaurare a complexului monahal, călugării au reuşit chiar să extindă clădirile iniţiale.
Cea mai grea perioadă a fost cea de sub sultanul Murad al II-lea (1421-1444), aceasta fiind una de persecutare a creştinilor şi de dărâmare a bisericilor. Mănăstirea Rila a fost abandonată între anii 1451 şi 1460. Restaurarea acesteia s-a datorat eforturilor a trei fraţi, Ioasaf, David şi Teofan, preoţi în satul Granica. Una dintre cele mai mari realizări ale celor trei fraţi este aducerea aici a moaştelor Sfântului Ioan de Rila. În anul 1980, Institutul şi Federaţia Pelerinilor şi a Jurnaliştilor a oferit Mănăstirii Rila diploma şi „Mărul de Aur”, cea mai însemnată recunoaştere a unui loc de cultură naţională şi turism. În anul 1976, Mănăstirea Rila a fost declarată monument istoric şi arhitectural naţional, iar în anul 1983, aceasta a fost trecută pe lista Patrimoniului Mondial de Cultură UNESCO. În anul 1991, statutul iniţial al mănăstirii a fost recunoscut printr-un decret special al Consiliului de Miniştri. (A.M.)
