Dintre toate operaţiunile secrete în care Francesco Pazienza şi Michael Ledeen au cooperat, cea mai cunoscută rămâne, fără îndoială, „Filiera bulgară”, atentatul comis de tânărul turc Mehmet Ali Agca asupra Papei Ioan Paul al II-lea, la 13 mai 1981.
Deşi au trecut aproape treizeci de ani de la acest misterios atentat, care ar fi putut schimba faţa lumii, rămân încă numeroase aspecte neelucidate şi detalii bizare. Rolul lui Francesco Pazienza rămâne şi el cert, deşi nu lipsit de ambiguităţi. După atentat, el a pretins că, împreună cu Alexandre de Marenches (şeful serviciului secret francez), ar fi avertizat, cu circa şase luni înainte, Vaticanul de complotul pus la cale de KGB împreună cu serviciul secret bulgar.
Ce-i drept, nici De Marenches, nici Francesco Pazienza n-a dat detalii asupra modului concret în care au făcut-o. Patru ani mai târziu, la proces, Ali Agca a afirmat că Francesco Pazienza, personal, l-ar fi vizitat în celula sa din închisoarea „Ascoli Piceno”, pentru a-i cere să confirme participarea bulgarilor la atentatul ordonat personal de Jivkov, din dispoziţia Kremlinului. Vicenzo Casillo, mafiot napolitan, prieten cu Francesco Pazienza, a susţinut, la rândul său, că Agca fusese vizitat în repetate rânduri în celula de agenţi SISMI, fără să le poată da însă şi numele. Însuşi don Raffaele Cutolo, naşul Mafiei napolitane, pare să fi jucat un rol important în această afacere.
După Giovanni Pandico, mâna dreaptă a naşului napolitan, Cutolo a fost vizitat în celula sa de însuşi generalul Musumeci, unul dintre şefii SISMI, care i-ar fi cerut să exercite presiuni, în închisoare, asupra lui Agca, în sensul dorit de Francesco Pazienza. Francesco Pazienza însă a susţinut în permanenţă că nu l-a întâlnit niciodată pe Agca, recunoscând doar că se afla la originea informaţiilor despre amestecul bulgarilor în atentat. Dan Aldea
